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首先MingW和cygwin都可以用来跨平台开发。 
MinGW是Minimalistic GNU for Windows的缩写,也就是Win版的GCC。 
Cygwin则是全面模拟了Linux的接口,提供给运行在它上面的的程序使用,并提供了大量现成的软件,更像是一个平台。 
相对的MingW也有一个叫MSys(Minimal SYStem)的子项目,主要是提供了一个模拟Linux的Shell和一些基本的Linux工具。因为编译一个大型程序,光靠一个GCC是不够的,还需要有Autoconf等工具来配置项目,所以一般在Windows下编译ffmpeg等Linux下的大型项目都是通过Msys来完成的,当然Msys只是一个辅助环境,根本的工作还是MingW来做的。
用MingW和cygwin编译出来的程序的区别。 
首先MingW和cygwin都不能让Linux下的程序直接运行在Windows上,必需通过源代码重新编译。 
现代操作系统包括Windows和Linux的基本设计概念像进程线程地址空间虚拟内存这些都是大同小异的,之所以二者上的程序不能兼容,主要是它们对这些功能具体实现上的差异,首先是可执行文件的格式,Window使用PE的格式,并且要求以.EXE为后缀名。Linux则使用Elf。其次操作系统的API也不一样,如Windows用CreateProcess()创建进程,而Linux使用fork()。 
所以要移植程序必然要在这些地方进行改变,MingW有专门的W32api头文件,来把代码中Linux方式的系统调用替换为对应的Windows方式。而Cygwin则通过cygwin1.dll这个文件来实现这种API的转换,并模拟一个Linux系统调用接口给程序,程序依然以Linux的方式调用系统API,只不过这个API在cygwin1.dll上,cygwin1.dll再调用Windows对应的实现,来把结果返回给程序。 
可以用查看他们编译好的程序的导入表来验证这点。 
二者生成的程序都是能在Windows上运行的EXE文件,显然都是PE格式,用一个PE格式查看工具检查一下就能发现,Cygwin生成的程序依然有fork()这样的Linux系统调用,但目标库是cygwin1。而MingW生成的程序,则全部使用从KERNEL32导出的标准Windows系统API。 
这样看来用Mingw编译的程序性能会高一点,而且也不用带着那个接近两兆的cygwin1.dll文件。 
但Cygwin对Linux的模拟比较完整,甚至有一个Cygwin X的项目,可以直接用Cygwin跑X。 
另外Cygwin可以设置-mno-cygwin的flag,来使用Mingw编译。 
而与Cygwin更有可比性的MSys上的工具也是通过Cygwin这种模拟的方式来提供的。 
总之这两个项目有千丝万缕的关系,一个不恰当的比方,如果Mingw是MFC,Cygwin就是.NET了。

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1.修改编译器,让window下的编译器把诸如fork的调用翻译成等价的形式--这就是mingw的做法. 
2.修改库,让window提供一个类似unix提供的库,他们对程序的接口如同unix一样,而这些库,当然是由win32的API实现的--这就是cygwin的做法.

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